Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che la scelta di un singolo protagonista non avrà un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, una scelta che ha generato discussione pre-rilascio.
Sono sorse le preoccupazioni che concentrarsi su un personaggio potrebbero portare a punti di trama cruciali o gameplay. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: in genere gioca 3-5 ore con un personaggio prima di passare all'altro per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont ha chiarito che i giocatori non saranno significativamente svantaggiati favorendo un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze introduttive uniche e trame personali, la narrativa principale si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a dare la priorità al loro personaggio preferito:
"Il gioco è progettato in modo da non perdere molto. Si tratta davvero di preferenze personali. Sperimenta come vedere come il gioco si adatta alla scelta del tuo personaggio. Ognuno ha inizi e missioni uniche, ma l'esperienza principale è flessibile. Gioca la tua preferita; la storia si regolerà. "