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許多遊戲擁有數量驚人的不同結局。《潛行者2：切爾諾貝利之心》雖然結局數量不多，但在遊戲結束字幕出現前，仍有4種不同的結局。
玩家在《潛行者2：切爾諾貝利之心》中將麵臨許多重要抉擇。遊戲結局會因玩家在3個特定任務中做出的特定選擇而大相徑庭。以下列出了每個結局以及玩家在關鍵任務中需要做出的關鍵對話選擇。
影響《潛行者2》結局的選擇
在3個關鍵任務中，玩家的選擇將決定最終結局。這些任務包括“微妙的事務”、“危險的聯絡”和“最後的願望”。幸運的是，這些任務都在遊戲後期，這意味著玩家可以推進到“區域傳奇”，然後進行手動存檔。這樣，他們就可以體驗所有可能的結局，而無需重玩整個遊戲。
她永遠不會自由
- 微妙的事務：生命在於活下去
- 危險的聯絡：[逃跑]
- 最後的願望：[開火]
斯特洛克希望保護區域，因此做出旨在實現這一目標的選擇將使玩家與斯特洛克站在一起，並讓他們控製區域。玩家隻需要與所有其他派係為敵才能走上這條道路。這包括拒絕疤痕，逃離科爾舒諾夫，並射殺凱曼諾夫。斯特洛克是過去遊戲中出現過的另一個角色，非常值得了解他們的背景故事。
Y計劃
- 微妙的事務：生命在於活下去
- 危險的聯絡：[逃跑]
- 最後的願望：[放下槍]
對於下一個結局，玩家需要重複與上一個結局相同的選擇。但是，他們會放下槍並與凱曼諾夫站在一起，而不是射殺他。他是一位科學家，希望看到如果區域被放任不管會變成什麼樣，並且它有權不受任何人的控製。
永無止境
- 微妙的事務：永恒的春天
- 危險的聯絡：[逃跑]
- 最後的願望：無
《潛行者2》中另一個可怕的派係是火花。該派係由該係列過去遊戲之一《潛行者：晴朗天空》的主角疤痕領導。幫助疤痕將導致他進入一個他認為會將他帶到閃耀區域的艙。雖然某些任務需要你在所有這3個重要任務中做出選擇，但火花結局隻需要玩家在其中2個任務中做出選擇。
美麗新世界
- 微妙的事務：生命在於活下去
- 危險的聯絡：我不是你的敵人
- 最後的願望：無
《潛行者2：切爾諾貝利之心》中有許多派係，其中之一是守衛。做出這些選擇將使玩家與克魯什諾夫上校站在一起，發起一場徹底摧毀該區域的戰役。與火花結局一樣，在做出選擇時隻有2個任務很重要。
