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许多游戏拥有数量惊人的不同结局。《潜行者2：切尔诺贝利之心》虽然结局数量不多，但在游戏结束字幕出现前，仍有4种不同的结局。
玩家在《潜行者2：切尔诺贝利之心》中将面临许多重要抉择。游戏结局会因玩家在3个特定任务中做出的特定选择而大相径庭。以下列出了每个结局以及玩家在关键任务中需要做出的关键对话选择。
影响《潜行者2》结局的选择
在3个关键任务中，玩家的选择将决定最终结局。这些任务包括“微妙的事务”、“危险的联络”和“最后的愿望”。幸运的是，这些任务都在游戏后期，这意味着玩家可以推进到“区域传奇”，然后进行手动存档。这样，他们就可以体验所有可能的结局，而无需重玩整个游戏。
她永远不会自由
- 微妙的事务：生命在于活下去
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：[开火]
斯特洛克希望保护区域，因此做出旨在实现这一目标的选择将使玩家与斯特洛克站在一起，并让他们控制区域。玩家只需要与所有其他派系为敌才能走上这条道路。这包括拒绝疤痕，逃离科尔舒诺夫，并射杀凯曼诺夫。斯特洛克是过去游戏中出现过的另一个角色，非常值得了解他们的背景故事。
Y计划
- 微妙的事务：生命在于活下去
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：[放下枪]
对于下一个结局，玩家需要重复与上一个结局相同的选择。但是，他们会放下枪并与凯曼诺夫站在一起，而不是射杀他。他是一位科学家，希望看到如果区域被放任不管会变成什么样，并且它有权不受任何人的控制。
永无止境
- 微妙的事务：永恒的春天
- 危险的联络：[逃跑]
- 最后的愿望：无
《潜行者2》中另一个可怕的派系是火花。该派系由该系列过去游戏之一《潜行者：晴朗天空》的主角疤痕领导。帮助疤痕将导致他进入一个他认为会将他带到闪耀区域的舱。虽然某些任务需要你在所有这3个重要任务中做出选择，但火花结局只需要玩家在其中2个任务中做出选择。
美丽新世界
- 微妙的事务：生命在于活下去
- 危险的联络：我不是你的敌人
- 最后的愿望：无
《潜行者2：切尔诺贝利之心》中有许多派系，其中之一是守卫。做出这些选择将使玩家与克鲁什诺夫上校站在一起，发起一场彻底摧毁该区域的战役。与火花结局一样，在做出选择时只有2个任务很重要。
